Den biståndsberoende afghanska ekonomin har gått in i väggen, med strypta biståndsflöden och frusna tillgångar utomlands efter talibanernas maktövertagande i augusti.
IMF beskriver det som en allvarlig budget- och bytesbalanskris, i en färsk prognos för regionen.
Miljontals afghaner hotas av fattigdom och en humanitär kris, enligt IMF.
"Ett stort antal flyktingar kan belasta de offentliga resurserna i länder som tar emot flyktingar", varnar fonden och tillägger att detta i sin tur kan skapa problem på arbetsmarknaden och leda till social oro i mottagarländerna.
Afghanistans ekonomiska kris innebär förutom hotet om effekter av en flyktingkris även ett stort bakslag vad gäller export för grannländer.
"Export till Afghanistan är makroekonomiskt och socialt betydande för Iran, Pakistan, Turkmenistan och Uzbekistan", skriver IMF.